Městskou policii Brno řídí primátor města Brna. Úkoly při řízení Městské policie Brno vykonává Radou města Brna pověřený strážník – ředitel Městské policie Brno.
Organizační struktura Městské policie Brno se vnitřně člení na výkon pořádkových činností, který plní základní poslání Městské policie Brno, a na činnosti zabezpečovací, které slouží k zajištění tohoto poslání Městské policie Brno. K plnění zákonných úkolů obce byly zřízeny a pod Městskou policii Brno začleněny další organizační celky, jako např. Útulek pro opuštěná zvířata a odchytová a asanační služby, Stavební policie.
Výkon pořádkových činností je zajišťován se zaměřením na plnění základních úkolů Městské policie Brno, vyplývajících ze zák. č. 553/1991 Sb., o obecní policii, ve znění pozdějších změn a doplňků, realizovaný v nepřetržitém provozu, k zabezpečování místních záležitostí veřejného pořádku a plnění dalších úkolů podle zákona.
Zabezpečovací činnosti jsou podpůrné specifické i operativní činnosti, které svým charakterem jsou nezbytně nutné k efektivnímu plnění základních úkolů Městské policie Brno.
Pro jednotlivé činnosti jsou zřízeny tyto základní organizační celky: jednotky a revíry, odbory, oddělení.
Jednotky jsou pořádkové útvary s celoměstskou působností. Městská policie Brno má 7 základních jednotek s celoměstskou působností. Revíry jsou pořádkové útvary s územní odpovědností. MP má 8 revírů pro 29 městských částí města Brna.
Samostatným organizačním celkem s celoměstskou působností je Městské operační středisko, které přijímá tísňová volání na bezplatnou linku 156.